O motivo pelo qual atribuiu-se o nome de São Marcos à sua Mantenedora e, por decorrência para suas instituições de ensino, tem origem na pessoa do Rev. Waldemar Schneider. Nos anos de 1960 pastoreava a Comunidade Evangélica Luterana São Lucas, na Vila Ipiranga, em Porto Alegre e como missionário que era, tinha por projeto pessoal abrir comunidades luteranas, com o nome dos três evangelistas restantes. E a sua meta foi alcançada, quando neste decênio liderou a fundação da São Mateus, em Cachoeirinha, a São João, em Gravataí, e a São Marcos em 1965, em Alvorada. Hoje todas elas se encontram em regular funcionamento.
E com a vinda do Reverendo Ari Pfluck para Alvorada, no ano de 1981, trazendo sua experiência enquanto professor e diretor de instituições de ensino da Igreja Luterana, deu-se início à caminhada educacional na Comunidade Evangélica Luterana São Marcos.
A São Marcos é uma organização de ensino com fundamento na doutrina luterana, nascida no ano de 1517, pela Reforma da Igreja proposta pelo Padre Agostiniano Dr. Martinho Lutero. Nos 100 anos de existência no Brasil, a Igreja Evangélica Luterana do Brasil – IELB, sempre defendeu e praticou a filosofia de Lutero, que dizia “Das Nächste bei der Kirche muss die Schule sein” ou “a coisa mais próxima da Igreja deve ser a escola”. Para Martinho Lutero, a educação e o conhecimento são a base para a formação do indivíduo, conforme relata em uma de suas obras: “Se para edificar cidades, fortalezas, monumentos, arsenais se gasta uma moeda de ouro, será preciso gastar cem para instruir bem um só jovem, para que feito homem, possa guiar os outros no caminho da honestidade. Na verdade, o homem bom e sábio é a relíquia preciosa do Estado, pois nele há mais do que nos esplêndidos palácios, do que nas montanhas de ouro e de prata, do que nas portas de bronze e nas fechaduras de ferro”.
A ideia trazida por Lutero tem por base a história educacional da Igreja Cristã. Comenius, outro teórico da São Marcos, traz à tona esta caminhada histórica: “José, filho de Jacó, afirma que a primeira escola foi aberta pelo patriarca Sem, logo depois do Dilúvio; em seguida foi chamada de escola hebreia”. E quem não sabe que na Caldeia, sobretudo na Babilônia, eram numerosas as escolas que, além das outras artes, se ensinava astronomia? Na sabedoria caldéia, foram educados (no tempo de Nabucodonosor) Daniel e seus companheiros (Dn 1.20), assim como no Egito foi educado Moisés (At. 7.22). O povo de Israel, depois, erigiu em todas as cidades, por ordem de Deus, escolas chamadas sinagogas, nas quais os levitas ensinavam a Lei: essas escolas duraram até a vinda de Cristo e foram célebres também pela pregação dele e dos Apóstolos. Os gregos adquiriram com os egípcios, e os romanos com os gregos, o costume de fundar escolas; os romanos difundiram por todo o Império o louvável hábito de abrir escolas, sobretudo depois da propagação da religião cristã, graças à obra atenta dos príncipes e dos bispos piedosos. A história nos relata que Carlos Magno ordenou aos bispos e doutores que fundassem imediatamente templos e escolas junto a todas as populações pagãs submetidas. E, seguindo seu exemplo, os outros imperadores cristãos, reis, príncipes e governadores de cidades aumentaram tanto o número de escolas que elas se tornaram inumeráveis” (COMENIUS, João Amós. Tratado de ensinar tudo a todos. São Paulo, Ed. Martins Fontes, 1997, pág. 84).
Motivados, então, por esta ideia de investir em educação, com apoio da Igreja Luterana (da Igreja-mãe, da própria Comunidade São Marcos e da igreja luterana dos EUA), e aproveitando-se uma forte demanda por matrículas, já que existiam muitas crianças perambulando pelas ruas sem estarem na escola, grande parte delas filhos de trabalhadores expulsos do campo, iniciou-se especialmente no ano de 1983, sob a liderança do Rev. Ari Pfluck, o processo de construção da primeira escola da iniciativa privada no município, a Escola de 1º Grau Incompleto São Marcos. Iniciando as aulas em final de fevereiro, a título experimental, recebeu autorização de funcionamento no dia 30 de março de 1984, para as quatro primeiras séries do Ensino Fundamental, 1ª a 4ª séries, mais tarde, oferecendo o Ensino Médio e, logo em seguida, a Educação Infantil.
A ideia de continuar a investir em educação já era latente na Instituição, de sorte que em meados de 1998, houve lastro suficiente para o início da criação de uma instituição de ensino superior, culminando no recebimento de autorização de funcionamento nos últimos dias do ano de 2000, no dia 26.12. No ano seguinte, no dia 28.02.2001, iniciaram as aulas da Faculdade Luterana São Marcos, pelo oferecimento do Curso de Administração, no turno da noite, nos prédios da Escola.
Em 01.07.2007 o Prof. Luiz Pfluck, assume a direção da Escola, e em vista do pedido de desligamento do seu primeiro Diretor da Direção da Faculdade, assume o cargo em 2011, mesmo que ininterruptamente esteve na São Marcos desde antes do início da criação da Escola, sendo o 1º Secretário da Escola e professor da primeira 3ª série do Ensino Fundamental (hoje 4º Ano), em 1995 alçando ao cargo de Vice-Diretor. Em decorrência do surgimento do ensino à distância, condição que possibilitou uma grande e imensa redução dos valores das parcelas educacionais nas instituições de ensino concorrentes, os alunos migraram todos para estas organizações, razão da decisão de encerramento das atividades presenciais da Faculdade, no ano de 2021, 20 anos depois de sua abertura.